請問R軟體在CRO有發展可能嗎? - 生技
By Suhail Hany
at 2017-02-23T08:32
at 2017-02-23T08:32
Table of Contents
※ 引述《parcequetoi (Sky)》之銘言:
: 爬文之後想請教的問題有二:
: (1) R語言在CRO有可能(漸漸)取代SAS嗎?
: (我能找到最近關於此議題的討論是前年的文章了)
: 雖然對臨床試驗領域是有興趣的,
: 但要放棄自己已經學到一定程度的語言畢竟還是有點不捨,
: 而且擔心如果後來沒要在CRO久留,
: SAS這項技能發展有限,因為以SAS為需求的工作並不多。
我想想,因為 CRO (或任何一個藥廠) 的 statistician 都不太可能是一個人獨立作業
還滿多是一起 co-work 的
可能要考慮到的點是,如果你的同事都是用 SAS,你一個人用 R 會不會有不順的地方
而且以前就是用 SAS,有留下很多 SAS 的 module,所以用 SAS 處理是最快的 XD
(認真的 data management 步驟其實很複雜喔,不是一個人可以獨立完成的
從 statistic plan 撰寫之後,還要做 mock database 然後 programmer 寫程式
而且可能還會不只一個人寫不只一套因為要做一些 independent validation 之類的
倒假資料比對一次比對兩次不停修正之後,才會有正式版的東西出來)
另外方面還要考慮到和原有的 database 相容性的問題
雖然以我非常淺顯的對資料庫的概念來說,我覺得應該不是很大的問題
反正不管用什麼資料庫,大概都是把 data dump 出來以後倒到程式裡運算
罷特那可能也只是常見的 SQL 那個系列,但臨床試驗很多都是 oracle database
(因 FDA 認證之關係,我不知道像 MySQL 這種有沒有認證過)
中間的串接就會是個問題
(剛剛大致查了一下,有套件可以串所以應該沒問題)
最後,也是前面有捧友提過的 R language 是不是有通過 FDA (validation)
這點是我覺得最微妙的地方,因為剛剛查了一些文件 (包括 R foundation 出的)
他的大意是,R 語言本身是可以滿足 FDA validation 的要求
但是因為你知道的 R 語言只是一個語言,但在 data management 的每一個步驟中
用的每一項東西,都要符合 FDA validation 的要求
我覺得這可能是 R 比較弱勢的地方,因為他本來就是個開源軟體
沒有像 SAS 一樣有這麼大的公司 support,可以一整套都弄好再給你一個 certificate
這可能也是一般 CRO 的 concern
(大到可以開發自己的開發環境和 database 的 CRO 我相信沒幾個)
至於 SAS 是不是那麼黃昏,我不覺得耶
老實說 R 可以做的事,SAS 應該是沒有做不到的
不要太神話 R,他就只是一個統計處理軟體而已,最大的好處是不要錢 XD
在一些 data mining 的工作上,因為不需要太厲害的 validation 機制
所以可能用 R + 一些套件是 ok 的
但臨床試驗的要求就多如牛毛,所以我覺得會有不同的 concern 吧
幾年以後 R 會不會取代 SAS?
我個人是覺得總有一天會,等到所有的開發環境都成熟時
但你說只會 SAS 的人會不會找不到工作?我到是不這麼想…
: (2) CRO statistical programmer月薪通常是在什麼範圍呢?
: 55K甚至60K以上有可能嗎?
: 這問題純粹就只是在掙扎要不要為五斗米折腰...
: 謝謝大家!
不知道 XD 但需要 data analysis 的公司不只 CRO 啊
不要太限制自己的路惹 XD
--
想當年我研究所時做 data mining 還在用 perl+SAS 在 linux 下跑呢哈哈
--
: 爬文之後想請教的問題有二:
: (1) R語言在CRO有可能(漸漸)取代SAS嗎?
: (我能找到最近關於此議題的討論是前年的文章了)
: 雖然對臨床試驗領域是有興趣的,
: 但要放棄自己已經學到一定程度的語言畢竟還是有點不捨,
: 而且擔心如果後來沒要在CRO久留,
: SAS這項技能發展有限,因為以SAS為需求的工作並不多。
我想想,因為 CRO (或任何一個藥廠) 的 statistician 都不太可能是一個人獨立作業
還滿多是一起 co-work 的
可能要考慮到的點是,如果你的同事都是用 SAS,你一個人用 R 會不會有不順的地方
而且以前就是用 SAS,有留下很多 SAS 的 module,所以用 SAS 處理是最快的 XD
(認真的 data management 步驟其實很複雜喔,不是一個人可以獨立完成的
從 statistic plan 撰寫之後,還要做 mock database 然後 programmer 寫程式
而且可能還會不只一個人寫不只一套因為要做一些 independent validation 之類的
倒假資料比對一次比對兩次不停修正之後,才會有正式版的東西出來)
另外方面還要考慮到和原有的 database 相容性的問題
雖然以我非常淺顯的對資料庫的概念來說,我覺得應該不是很大的問題
反正不管用什麼資料庫,大概都是把 data dump 出來以後倒到程式裡運算
罷特那可能也只是常見的 SQL 那個系列,但臨床試驗很多都是 oracle database
(因 FDA 認證之關係,我不知道像 MySQL 這種有沒有認證過)
中間的串接就會是個問題
(剛剛大致查了一下,有套件可以串所以應該沒問題)
最後,也是前面有捧友提過的 R language 是不是有通過 FDA (validation)
這點是我覺得最微妙的地方,因為剛剛查了一些文件 (包括 R foundation 出的)
他的大意是,R 語言本身是可以滿足 FDA validation 的要求
但是因為你知道的 R 語言只是一個語言,但在 data management 的每一個步驟中
用的每一項東西,都要符合 FDA validation 的要求
我覺得這可能是 R 比較弱勢的地方,因為他本來就是個開源軟體
沒有像 SAS 一樣有這麼大的公司 support,可以一整套都弄好再給你一個 certificate
這可能也是一般 CRO 的 concern
(大到可以開發自己的開發環境和 database 的 CRO 我相信沒幾個)
至於 SAS 是不是那麼黃昏,我不覺得耶
老實說 R 可以做的事,SAS 應該是沒有做不到的
不要太神話 R,他就只是一個統計處理軟體而已,最大的好處是不要錢 XD
在一些 data mining 的工作上,因為不需要太厲害的 validation 機制
所以可能用 R + 一些套件是 ok 的
但臨床試驗的要求就多如牛毛,所以我覺得會有不同的 concern 吧
幾年以後 R 會不會取代 SAS?
我個人是覺得總有一天會,等到所有的開發環境都成熟時
但你說只會 SAS 的人會不會找不到工作?我到是不這麼想…
: (2) CRO statistical programmer月薪通常是在什麼範圍呢?
: 55K甚至60K以上有可能嗎?
: 這問題純粹就只是在掙扎要不要為五斗米折腰...
: 謝謝大家!
不知道 XD 但需要 data analysis 的公司不只 CRO 啊
不要太限制自己的路惹 XD
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想當年我研究所時做 data mining 還在用 perl+SAS 在 linux 下跑呢哈哈
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