電腦模擬蛋白質製藥的需求? - 生技

※ 引述《piimaila (肥仔)》之銘言：
關於上次請教各位前輩, 我去問了一下相關問題
當然, 我非本科, 是依照我很粗糙的理解...orz
我聽得懂得附在文章最後面, 聽不懂得等我查個資料拿來請教

首先延伸出一些問題.
1. 傳統高通量篩選機器, 能準確找出複方嗎?
2. 制病點是由傳統高通量篩選機器找的? 還是廠商丟進去前就要知道?
3. 如果找出100種藥物, 請問廠商如何試驗? 是否能塞滿制病點.

-------------------上次的討論, 我去問了一下的答案---------------------------
1.制病點是廠商得找的, 換言之, 到時候可能得指定說結合哪裡,
當然, 要他們找也行, 需額外費用, 說白點是外包...有實驗室會做.

2.此方式主要優勢在於, 可以找複方, 傳統HT似乎無法達到相同功能.
當然, 他並非說傳統ht作不到, 只是她們作不到,
事實上單方也是主打, 因為許多病症並非目前無藥可治, 只是需要複方.
當然, 複方選定是廠商選定.
舉例說明一下
假設
蛋白質 A, 可能可以結合點為 a[0]~a[10000],有制病點 a[1], a[2], a[3]
化合物 b[0], b[1], b[2], b[3]..b[10000]
一般的ht 是可能可以看出
A, b[0]
A, b[1]
.....
A, b[n]
可以結合,
問題是, 妳得塞a[0], a[1], a[2], a[3]. 才有效果.
而如何找出可以塞滿 a[0], a[1], a[2], a[3]的化合物呢? 能量又是多少.

此時就必須使用電腦篩選.
我們可能得到結果是
藥物 b[1],b[2], b[3] 可以結合 a[1], a[2], a[3].
故, 此複方藥物, 可以找出單方無法治癒的病症, 或是對傳統病症
可以達到藥物減量, 或是增強藥效的功能.


3.關於配體, 受體 目前皆取自受認證的資料庫, 除非有數量上的問題,
結構, 引力, 都可算精準.

4.binding 環境部分, 我是有聽沒有懂, 不過大概說法是人體內溫度和環境,
取得的配體受體模型, 所以基本上結合本來就是依人體內環境考慮


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: 稍微整理一下目前討論結果
: 如果想要廠商接受
: 電腦實現高通量篩選要可行必須有
: 1. 配體(化合物, 藥物)夠多, 也就是目標應該定在 縮小傳統HT的範圍.
: 2. 由於目標是1 所以速度必須遠高於廠商能夠取得的HT機器之速度.
: 3. 由於是縮小傳統HT的範圍故價格要低於縮小HT範圍所得到的價格效益
: 但是, 如果另一方向想,
: 如果 能找到一個各方人才的團隊(主要是生技, 資訊人員)
: 開發出目前市面上疑難雜症的藥物, 該症目前可能宣稱為不治之症或慢性病
: 當然, 不可能是治癒, 但是理論上可以控制.
: 舉例說明: 紅斑性狼瘡, 第二型糖尿病, 痰湿型肥胖症
: 該藥物群"僅"通過電腦篩選. 這樣, 這些資料是否有市場呢?
: ※ 引述《s122s91 (lo)》之銘言：
: : 如果你用現在上市的藥,
: : 用電腦模擬去算,分數一定不是最高的
: : 如果把電腦設定成"上市藥物"為最高分的參數,拿來跑,設計出來的藥物,活性通常不高
: : 我想這就是困境。
: : 不知道到現在為止,有沒有藥物是真的由模擬出來的。
: : 電腦模擬就是模擬,不一定準。

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