Re: 請教 目前大家對bioinformatics的看法 - 生技

※ 引述《coyot (coyot+e)》之銘言：
: 大學指考開始了 我舉補習班當例子
: 如果一個補習班有2萬5千名考生(25000個基因)
: 經過一堆模擬考後 補習班為了賺錢再推出精英班
: 說只要模擬考總平均在前50名的可再幾萬元 進精英班拼1個月 保證考取台清交
: 考試結果果然這50名都進台清交.. 補習班就大幅宣傳"精英班之優點"
: 我只聽過課 不像sherylcrow或其他2位對microarray有專業知識
: 但我想到的是以前碩士班訓練之下給我的邏輯推理關係
: 精英班這50名 如何產生的? 參考之前幾次模擬考成績

如果您有看過這兩篇
得到的結論是前50 100 名，不同的平台 (最常用那三個)
可能重複的是很少的

Nature 2004 oct 22
getting the noise of gene arrays
also in NAR 2003 p5676



: 所以你再給他們模擬考 甚至於大學指考 他們依舊是優秀
: (array上要檢測那些基因 是依據已發表的眾多papers之研究結果
: 你再用任何方法去研究 這些基因都還是會跟所指出的癌症疾病有關)
: 然而"要精英班才會考上台清交嗎? 考上是精英班的貢獻嗎?"
: 上面2問題在邏輯推理上都是有問題的
: 考上台清交的也有一直表現平平 沒能進精英班 但最後靠自己而獲勝的
: 同樣的 目前還沒有被發現的基因作用 也許亦會影響某癌症或其他疾病
: 這些基因在目前是沒有papers去證實他 但沒有人敢拍胸脯說不存在
: 所以拿array的檢測結果只能說 以目前科技檢測下此受檢者是否有某癌症


現在可能不是要診斷得癌與否，而要是去分出的癌的人，預後好壞，
以您舉的例子，就是 同樣考上台清交， 這些人，如何在去分出好壞。

(因為array detect mRNA大都是 來自tissue, 表示病理診斷大多沒問題了，
不過，更複雜的說，有些診斷疑慮的case是有幾種情況，比如SBRCT (small blue
round cell tumor), CUP (carcinoma of unknow primary)


同樣的如果您的目的是要去screen cancer ，倒是可以朝serum proteomics
去考慮 (表示抽血就好，不用侵襲性的檢查，舉例，)。
我們自己用SELDI-TOF proteomics 在某些婦女的cancer
我們帳面上，寫papaer 時可以做到看起來可以90-95%的準確率

甚至有人大玩machine learing 可以在一些cancer (prostate, colon)
都上到95 % --100%


: 但在未知知識下 無法100%說 受檢者有沒帶有某尚未被發現或證實致癌基因
: 或某個尚未被發現或證實的致癌基因是否已經在表現
: 目前許多癌症生化檢測 靠的是蛋白 在基因層次還只是學術研究離臨床還有距離
: 所以目前有蛋白質晶片的熱門興起
: 以上我是站在若某一天我成了受檢者 我所疑慮的
: 我目前寧可用傳統生化檢測還比較可靠


建議您看看現行的tumor marker 好不好用，再考慮這句話

: array data 說有癌症 只是烏龍算是還好 頂多受驚了
: 但若說沒癌症 但其實是有 而沒檢測出來 那將會是一條生命的誤診

之前強調過
不是要診斷得癌與否，而要是去分出得癌的人，預後好壞，

況且，診斷不是這樣三言兩語就決定了， 一般都是住院至少 兩、三天
到 一個禮拜，


: 在統計歸納上 也許將來array能分析到80%的可信度
: 但也表示有20%的誤診 這對關係到生命的檢測而言是需要去改善的
: 而20%誤診中 卻可能包含了 一些未知的基因機制(未選入精英班的學生)
: 這部份是最大盲點 且無法由目前的microarray領域去改善它
: 只能消極等待學界對癌症的更深入了解


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