Re: 請教 目前大家對bioinformatics的看法 - 生技

大學指考開始了 我舉補習班當例子
如果一個補習班有2萬5千名考生(25000個基因)
經過一堆模擬考後 補習班為了賺錢再推出精英班
說只要模擬考總平均在前50名的可再幾萬元 進精英班拼1個月 保證考取台清交
考試結果果然這50名都進台清交.. 補習班就大幅宣傳"精英班之優點"

我只聽過課 不像sherylcrow或其他2位對microarray有專業知識
但我想到的是以前碩士班訓練之下給我的邏輯推理關係
精英班這50名 如何產生的? 參考之前幾次模擬考成績
所以你再給他們模擬考 甚至於大學指考 他們依舊是優秀
(array上要檢測那些基因 是依據已發表的眾多papers之研究結果
你再用任何方法去研究 這些基因都還是會跟所指出的癌症疾病有關)
然而"要精英班才會考上台清交嗎? 考上是精英班的貢獻嗎?"
上面2問題在邏輯推理上都是有問題的
考上台清交的也有一直表現平平 沒能進精英班 但最後靠自己而獲勝的
同樣的 目前還沒有被發現的基因作用 也許亦會影響某癌症或其他疾病
這些基因在目前是沒有papers去證實他 但沒有人敢拍胸脯說不存在
所以拿array的檢測結果只能說 以目前科技檢測下此受檢者是否有某癌症
但在未知知識下 無法100%說 受檢者有沒帶有某尚未被發現或證實致癌基因
或某個尚未被發現或證實的致癌基因是否已經在表現
目前許多癌症生化檢測 靠的是蛋白 在基因層次還只是學術研究離臨床還有距離
所以目前有蛋白質晶片的熱門興起
以上我是站在若某一天我成了受檢者 我所疑慮的
我目前寧可用傳統生化檢測還比較可靠
array data 說有癌症 只是烏龍算是還好 頂多受驚了
但若說沒癌症 但其實是有 而沒檢測出來 那將會是一條生命的誤診
在統計歸納上 也許將來array能分析到80%的可信度
但也表示有20%的誤診 這對關係到生命的檢測而言是需要去改善的
而20%誤診中 卻可能包含了 一些未知的基因機制(未選入精英班的學生)
這部份是最大盲點 且無法由目前的microarray領域去改善它
只能消極等待學界對癌症的更深入了解

※ 引述《sherylcrow (鱸鰻阿德)》之銘言：
: 我不太清楚coyot前輩的意思,[還是相互參考而成的,若是參考而成 拿"成"再反證
: 當然有如老王賣瓜囉].不過我想你應該了解QPCR是什麼東西.
: 做分子實驗的,非常注重實驗的反證,就連microarray內部都會有control點,microarray
: 實驗是否成功,會由control來反應,QPCR內部也會有control gene.不論做什麼實驗都會
: 有control,主要是來反證你data 的可信度.
: 現在microarray 的 paper,大多都會再做QPCR or northern blot,來證明array data
: 的可信度.
: 目前檢測肝癌,最具代表性的gene是AFP,但並不是每個得肝癌的病人會有表現.
: 但它卻在臨床檢驗上使用很久了.
: 犧牲...真抱歉我沒表達清楚,我指的犧牲不是病人,而是要有人去開發array
: 去犧牲,才會去改良.
: ※ 引述《nightcatman (夜貓)》之銘言：
: : 唔...好神...
: 新加坡的Limsoon Wong使用affy做血癌...就近三百片了
: 史丹佛大學,做array是最有名了,光是肝癌就二百多片了
: : 可以請問一下你在算R值的時候有算進一大堆低表現量的基因嗎?
: 我們有cutoff的標準,R值只是看Raw data的線性相關,事後還有做normalization.
: : 那可能就是高R值的來源...
: : 另外以u133 plus2而言
: : 其穩定性仍舊是學術研究的等級
: : 他的規格書裏也有寫明
: : "For research use only. Not for use in diagnostic procedures."
: 嗯..是沒錯,你應該也有看到這段話.
: The GeneChip Human Genome Arrays provide gene expression data for
: a multitude of applications, including:
: · Uncovering new regulatory pathways
: · Validating drug targets
: · Clarifying diseases
: · Analyzing toxicological responses
: · Building robust databases
: : 就是因為臨床醫療上所要求的穩定性標準比學術研究要高得多
: : 你最後說的"選出具代表性的基因"確實是重點
: : 像u133 plus2這麼多點的array,相對上來講穩定性就比較低 (還好它是Oligo)
: affy設計probe有PM與MM,來計算點的可信度,以及intensity.
: : 那只是在研究初期亂槍打鳥用的
: 呵....是沒錯...不過國外已經打了很多隻鳥了...
: : 如果可以透過一連串大規模的實驗
: : 確實的針對某種疾病找到可靠的marker,並藉此縮減點數
: : 穩定性就會提高許多
: : 價格也才有可能cost down
: : Anyway, 如同我想表達的,這些都還只是未來的願景
: : 做學術研究ok
: : 但在臨床醫療上還是保守一點的好
: 目前學術到臨床是有段距離,嚴謹是一定要的.
: 目前政府某單位,正計劃將microarray運用在動物疾病檢驗上.

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