Re: 請教 目前大家對bioinformatics的看法 - 生技

你用現實生活去推理是沒問題,但是忘了回歸到biology.
這五十人,一定100%考上台清交.也就這五十人,是考上台清交的指標.
換句話說,這五十個genes是,得癌症(在此以肝癌為例)的指標.(得癌症=考上台清交or
考試).
再換句話說,也就是得肝癌的病人,一定會有這五十個genes的表現.
你把這五十人稱做精英班,我把這五十個genes稱做biomarker.
那你就用這五十個genes去設計microarray就好了,去檢驗是否得肝癌.
準確度正如你一開始假設一定考上台清交(一定得肝癌).
至於以後若發現也一定能考上台清交的人,那你的精英班,就會從50升至51,52.....人
那我的biomarker也會變多....microarray點也會變多.準確度也一樣如你假設(一定
考上台清交).
[考上是精英班的貢獻嗎?]這句話你是想表達:(得肝癌是biomarker的因素嗎?)?
假若你想表達是這意思的話?.假若[考上是精英班的貢獻]受到懷疑?那之前發表paper
的科學家會被人家[打搶].
DNA transcription mRNA,mRNA translation protein.
現今的microarray大多檢測mRNA,mRNA沒有表現那來的protein.除非Ribosome不需要
mRNA就能生出protein.
antibody array,目前還未能點很多protein在上面,目前大約可點近一萬個protein.
因protein結構不穩定,容易裂解,有些protein易受溫度,PH值....等影響.所以還不能
測太多.不過未來這是一個趨勢,也有些實驗室開始用Lab on a chip在開發antibody
array以解決分子上的問題.以後也可能會成為檢驗的新工具之一.
目前己經知道得癌症,並非只是單一基因調控所引起的,而是由一群相關基因所調控的.
傳統檢測肝癌指標afp,就是以單一基因所表現出的protein做檢測,來斷定你是否得
肝癌,但並非所有得肝癌的人,都會表現afp,這就是傳統檢測上的誤差.
而microarray一次看多個基因,假若找到一群biomarker的基因,更能提高檢驗的可信度
.而不是由單一基因(afp)決定是否得肝癌.

※ 引述《coyot (coyot+e)》之銘言：
: 大學指考開始了 我舉補習班當例子
: 如果一個補習班有2萬5千名考生(25000個基因)
: 經過一堆模擬考後 補習班為了賺錢再推出精英班
: 說只要模擬考總平均在前50名的可再幾萬元 進精英班拼1個月 保證考取台清交
: 考試結果果然這50名都進台清交.. 補習班就大幅宣傳"精英班之優點"
: 我只聽過課 不像sherylcrow或其他2位對microarray有專業知識
: 但我想到的是以前碩士班訓練之下給我的邏輯推理關係
: 精英班這50名 如何產生的? 參考之前幾次模擬考成績
: 所以你再給他們模擬考 甚至於大學指考 他們依舊是優秀
: (array上要檢測那些基因 是依據已發表的眾多papers之研究結果
: 你再用任何方法去研究 這些基因都還是會跟所指出的癌症疾病有關)
: 然而"要精英班才會考上台清交嗎? 考上是精英班的貢獻嗎?"
: 上面2問題在邏輯推理上都是有問題的
: 考上台清交的也有一直表現平平 沒能進精英班 但最後靠自己而獲勝的
: 同樣的 目前還沒有被發現的基因作用 也許亦會影響某癌症或其他疾病
: 這些基因在目前是沒有papers去證實他 但沒有人敢拍胸脯說不存在
: 所以拿array的檢測結果只能說 以目前科技檢測下此受檢者是否有某癌症
: 但在未知知識下 無法100%說 受檢者有沒帶有某尚未被發現或證實致癌基因
: 或某個尚未被發現或證實的致癌基因是否已經在表現
: 目前許多癌症生化檢測 靠的是蛋白 在基因層次還只是學術研究離臨床還有距離
: 所以目前有蛋白質晶片的熱門興起
: 以上我是站在若某一天我成了受檢者 我所疑慮的
: 我目前寧可用傳統生化檢測還比較可靠
: array data 說有癌症 只是烏龍算是還好 頂多受驚了
: 但若說沒癌症 但其實是有 而沒檢測出來 那將會是一條生命的誤診
: 在統計歸納上 也許將來array能分析到80%的可信度
: 但也表示有20%的誤診 這對關係到生命的檢測而言是需要去改善的
: 而20%誤診中 卻可能包含了 一些未知的基因機制(未選入精英班的學生)
: 這部份是最大盲點 且無法由目前的microarray領域去改善它
: 只能消極等待學界對癌症的更深入了解

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